第二季紧接第一季结尾。星际联邦与克林贡帝国的和谈破裂,战争阴云密布。亚契舰长奉命前往一个未知星云寻找传说中的“建造者”遗迹,希望获得能扭转战局的远古科技。在那里,他们收到了一个来自平行宇宙的求救信号。那个宇宙的人类帝国(类似镜像宇宙)已经入侵了多个象限。一支镜像版本的进取号穿越过来,请求帮助。亚契舰长面临两难:与暴政合作对抗克林贡,还是坚守联邦原则。最终,亚契选择了第三条路:联合镜像宇宙的温和反抗派,利用平行科技制造“区域稳定器”,迫使双方回到谈判桌。

本季延续了《进取号》系列的探索精神,加入了更复杂的平行宇宙道德困境。战争场面大幅升级,但对人性的探讨依然是核心。斯波克在前传中的出场是最大惊喜。